El Hospital Civil Nuestra Señora de los Desamparados, emblemático edificio del s. XVIII donde se encuentra el Museo de Naturaleza y Arqueología –que hasta 2018 fue el Museo de la Naturaleza y el Hombre-, conoció un profundo proceso de remodelación hasta convertirse en el museo que hoy se puede visitar:
- La primera fase (1997) se centró en los espacios expositivos de la segunda planta: Arqueología de Canarias, Antropología Biológica, Mundo Funerario Guanche, Arqueología Precolombina y Etnografía Africana, por parte de Arqueología, y Biología Marina, Paleontología y Mineralogía, por Ciencias Naturales.
- La segunda fase (1999) modificó el denominado ámbito 0 y los espacios dedicados a cafetería, biblioteca, recepción y tienda.
- La tercera fase, que fue inaugurada por la Reina Sofía el 9 de enero de 2002, afectó al ámbito expositivo de la primera planta, Colecciones, Colonización y Poblamiento de Canarias, Arqueología de Tenerife y Grabados rupestres, en cuanto a Arqueología, y Botánica, Invertebrados y Vertebrados Terrestres, en lo que se refiere a Ciencias Naturales.
- La cuarta y última fase (2011) afectó a las áreas de trabajo del personal administrativo y científico (oficinas, laboratorios y talleres), salón de actos y sala de exposiciones temporales.
Todos estos trabajos convergen en el museo de Canarias más importante y completo de su género que anualmente recibe más de 100000 visitantes en las diferentes actividades que realiza.